AFC챔피언스 리그 2009 조별리그의 조 추첨식이 1월 7일 UAE의 두바이에서 진행되었다. 출전한 32팀을 8개 그룹으로 나누는 조 추첨식에서 지난 대회 우승팀인 감바 오사카(일본)는 중국축구협회(CSL) 우승팀인 산동 루넝, K리그 2위를 차지한 서울 FC(한국), 스리 위자야(인도네시아)와 같은 조인 F조에 편성되었다. 조별리그 1차전은 3월 11일에 치러진다.

동아시아 축구연맹 관련으로는 E조에 베이징 궈안(중국)과 나고야 그램퍼스(일본). 울산 현대 호랑이(한국)가 동거하게 되었으며, G조에는 J리그 우승팀인 가시마 앤틀러스와 K리그 우승팀인 수원 삼성 블루윙즈, 그리고 CSL 2위인 상하이 션화 등 각국 강호들이 편성되었다. H조에는 한국 FA배 우승팀인 포항 스틸러스, J리그 2위팀인 가와사키 프론탈레, 그리고 텐진 테다(중국) 등이 이름을 올렸다.

ＡＦＣ 챔피언스리그 2009 조별리그의 조편성 결과는 다음과 같다.
【A조】
알 힐랄(사우디 아라비아), 부뇨드코르(우즈베키스탄), 알 알리(UAE), 사바 바테리(이란)
【B조】
페르세폴리스(이란), 알샤바브(사우디 아라비아), 알가라파(카타르), 플레이오프 승자 1
【C조】
알자지라(UAE), 에스테그랄(이란), 알이티하드(사우디 아라비아), 움살랄(카타르)
【D조】
파크타코르(우즈베키스탄), 세파한(이란), 알샤바브(UAE), 알에티파크(사우디 아라비아)
【E조】
울산 현대 호랑이(한국), 뉴캣슬 제츠(호주), 베이징 궈안(중국), 나고야 그램퍼스(일본)
【F조】
감바 오사카(일본), FC서울(한국), 스리 위자야(인도네시아), 산동 루넝(중국)
【G조】
상하이 션화(중국), 가시마 앤틀러스(일본), 수원 삼성 블루윙즈(한국), 플레이오프 승자 2
【H조】
센트럴 코스트 마리노즈(호주), 포항 스틸러스(한국), 가와사키 프론탈레(일본), 텐진 테다(중국)